Seit seiner Gründung 1951 sind UNHCR 10 Flüchtlingshochkommissare vorgestanden. Der erste Flüchtlingshochkommissar war der dänische Journalist und Anwalt Gerrit Jan van Heuven Goedhart, der 1956 im Amt verstarb. Seine Tätigkeit für die Flüchtlinge auf der ganzen Welt stieß auf große internationale Anerkennung. Unter seiner Führung wurde UNHCR 1952 der Friedensnobelpreis verliehen.
Sein Nachfolger, der Schweizer Auguste Lindt, ebenfalls ein ehemaliger Journalist, widmete sich gleich zu Beginn seiner Amtszeit den 200.000 ungarischen Flüchtlingen, die nach der Niederschlagung der ungarischen Aufstände durch Sowjetische Truppen aus ihrer Heimat geflohen waren. Ihm folgten der Schweizer Felix Schnyder und der Iraner Sadruddin Aga Khan als Flüchtlingshochkommissare. Letzterer war mit 12 Jahren der am längsten dienende Hochkommissar in der Geschichte von UNHCR.
Aga Khans Nachfolger, Poul Hartling, war der erste ehemalige Premierminister, der die UNHCR-Leitung übernahm. Während seiner achtjährigen Tätigkeit als Flüchtlingshochkommissar kam es unter anderem zum Massenexodus in Indochina und großen Operationen am Horn von Afrika, in Zentralamerika und für afghanische Flüchtlinge in Asien. In dieser Zeit wurde UNHCR 1981 ein zweites Mal mit dem Friedensnobelpreis ausgezeichnet.
1986 übernahm der Schweizer Jean-Pierre Hocké die Leitung von UNHCR. Ihm folgte 1990 die Erste weibliche Flüchtlingshochkommissarin, Sadako Ogata, die zehn Jahre lang an der Spitze der Organisation stand. Während ihrer Amtszeit war UNHCR am Balkan und in der Region der Großen Seen aktiv und unterstützte die Rücksiedelung von 360.000 Flüchtlingen nach Kambodscha.
Auf Sadako Ogata folgten der ehemalige dänische Premierminister Ruud Lubbers und der heutige UN-Flüchtlingshochkommissar António Guterres.